当道教摆脱了人类中心主义的困惑之后，看破并取消了以自我为出发点的偏见后，自然融入了老子所说的“玄德”世界，与天地万物翩翩共舞。依据道教的观点，万物与天地皆为大道所生养，故无高低贵贱之分，都包含了道的本性。自然界千奇百怪的变化，动物类或飞或爬或泳的差异，植物类或艳或丽或壮或弱的区别，并非是判断其内在价值的根据，而是展开大自然无穷无尽生命力的表象。因此，人们理应平等地对待万物，以维护大自然中各种生命形态的兴盛。老子说:“圣人常善救人，故无弃人。常善救物，故无弃物。”正是老子这种海纳百川的气度与慈悲救物的心怀，开辟了道家亲近自然、善待万物的生态之途。后来的道教继承了这种理念，并将自然界中各种生命形态的兴旺与否，动植物种类的多少存亡，用以作为评判一个社会贫穷或富足的重要标准。因为在他们看来，人类在世界上最重要的责任之一，就是“助天生物也，助地养形也”。《太平经》说:“天乃好生不伤也，故称君称父也。地以好养万物，故称良臣称母也。人者当用心仁，而爱育似天地，故称仁也。此三者善也，故得共治万物，为其师长也。” 基于对大自然的热爱，对万物生命的尊重，道教非常重视对物种的保护，希望建立一个万物均安的世界。《太平经》中设想的太平盛世是:“风雨为其时节，万物为其好茂，百姓为其无言，鸟兽行，为其安静，是其效也。故治乐欲安国者，审其署置。夫天生万物，各有材能，又实各有所宜，犹龙升于天，鱼游于渊，此之谓也。”

    与此相反，倘若人类一意孤行，好杀众生，“射猎为事，屠割为业，不知修福，但行恶事”，以致天怒神怨，劫难降临，万物皆亡，天地同毁。《洞玄灵宝诸天世界造化经》云:“先为小劫，后为大劫。小劫至时，阴阳气变，水旱不调，五谷匮乏，一切木石草棘及众生指爪，尽成刀剑，互相杀伐，人民死尽，兼人命短浅，忽自诳惑，七日之内，相杀都尽。是洪水滔溢，洗荡天地，山川改换，土地平坦。”至于大劫，更是令人恐怖:“大灾先起，二日并出，乃至三日、四日、五日、六日、七日，一时俱为是数万亿年，河海干涸，众生死尽。”可见，在道教看来，对动物植物的保护，不仅仅是出于一种善良的理念，而是关系着天地生育、万物共存的根本大计，对动物植物的无情残害，归根结底亦是对人类自身的伤害，一个唯有人类、没有草木虫兽的世界是不可想象的。如果有，那就是“九幽地狱”——“纵横数十万里，其中冥冥，尽是罪人。”从万物有灵的观点出发，道教认为动物植物皆有各自独特的价值，即《太平经》中所说的“有德有道”。如草木能够治疗各种各样的疾病，故谓之“神草木”；禽兽亦能治病，故称之为“天上神药”、“地精神药”。人们可以使用许多野生物种以制造药物，治疗疾病，这是物种在保护人类健康上的巨大价值。此外，野生物种也使现代农业、工业、科技等获得了难以计算的丰厚利润。宗教的、伦理学的、文化的、美学的和科学上的考虑，都为物种保护提供了充分的理由。这也是人与自然界不同物种相互依存的最好例证。在利用万物、为人造福的发展过程中，道教的基本原则是善待其生，尽其物用。《太平经》说:“夫天道恶杀而好生，蠕动之属皆有知，无轻杀伤用之也。有可贼伤方化，须以成事，不得已乃后用之也。故万物芸芸，命系天，根在地，用而安之者在人，得天意者寿，失天意者亡。凡物与天地为常，人为其王，为人王长者，不可不审且详也。”“审”，即慎重审察，不可掉以轻心，暴殄万物；“详”，即详细周密地考察物种的来源、特性及功能、用途。在观察自然、审用物种方面，道教中人可谓典范。

    在对各种植物的收集、辨别、分析、研究方面，道教中人是下了大功夫的。由于炼丹修仙、治病救人的需要，许多道士常年隐居深山老林，寻找各种各样的仙药灵草。据《抱朴子内篇·仙药》所载，道教的仙药大致可分为三类。其一是金石矿物类药，包括贵重的金、银、珠、玉，大都列为上品。第二类是五芝，“五芝者有石芝，有木芝，有草芝，有肉芝，有菌，芝，各有百许种也”。现代医学亦证明灵芝确有益精气、强筋骨、健脑安神之功效，为治疗神经衰弱、慢性支气管炎和健身益寿的良药，道士们发现这一菌科生物乃是对医药学的一个贡献。第三类为草木，用于治病疗疾。从采集物种、保护物种的角度上看，道教的药学著作中包含着相当丰富的资源。如陶弘景《神农本草经集注》中收有药物365种，包括草部、木部、谷部、石部、虫部，可谓南朝时期的物种辞典。孙思邈的《千金翼方》中收有药物多达873种，并详述其产地、药性、功能，分门别类，系统规范。《道藏》中尚收有《图经衍义本草》四十三卷，共收药1042种，分为十部，计玉石部163种，草部345种，木部172种，人部13种，兽部54种，禽部38种，虫鱼部111种，果部42种，米谷部41种，菜部63种。各种药物皆附产地、图形，释以性能；广引《外台秘要》、《圣惠方》、《齐民要术》、《博物志》、《南方草木状》、《太清石壁记》等百余种方书并陶弘景、孙思邈、青霞子、日华子、雷公、陈藏器、郭璞、陆机等历代名流语录作注，内容涉及之广博令人惊叹，它不仅是一部非常重要的药类本草经典，同时亦当为中国历史上最重要的一部物类大全，其中饱含着道教对生物种类的采集、研究、保护的心血。